Trong bối cảnh nhiều doanh nghiệp phản ánh về tình trạng hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) bị kéo dài do các cảnh báo rủi ro trong chuỗi cung ứng, Tổng cục Thuế đã có văn bản yêu cầu Cục Thuế các tỉnh, thành phố thống nhất quy trình xử lý, đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho người nộp thuế.
Phân định rõ ràng giữa “cảnh báo rủi ro” và “vi phạm pháp luật”
Tổng cục Thuế khẳng định, các thông tin cảnh báo rủi ro liên quan đến người bán hoặc các chủ thể trong chuỗi cung ứng chỉ đóng vai trò là dữ liệu đầu vào phục vụ công tác quản lý rủi ro. Việc một chủ thể trong chuỗi bị cảnh báo không đồng nghĩa với việc giao dịch của người nộp thuế là không có thật hoặc hóa đơn không hợp pháp.
Cơ quan thuế chỉ được phép từ chối hoàn thuế hoặc thu hồi số tiền đã hoàn khi có kết quả kiểm tra, xác minh cụ thể chứng minh người nộp thuế không đủ điều kiện hoàn hoặc có hành vi vi phạm pháp luật thuế.
Cơ chế xử lý hoàn thuế theo từng phần
Một trong những điểm mới quan trọng trong chỉ đạo lần này là việc xử lý linh hoạt đối với các hồ sơ hoàn thuế. Cụ thể:
- **Đối với hồ sơ hoàn trước:** Nếu hệ thống xác định chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro, cơ quan thuế chỉ chuyển phần tiền này sang diện “kiểm tra trước hoàn thuế”.
- **Giải quyết dứt điểm:** Phần tiền còn lại đáp ứng đủ điều kiện sẽ được tiếp tục xử lý theo quy trình hoàn thuế trước, không phải chờ đợi kết quả xác minh đối với phần tiền có rủi ro.
Điều này giúp giảm thiểu đáng kể tình trạng tồn đọng hồ sơ, cải thiện dòng tiền cho doanh nghiệp.
Không lấy cảnh báo từ F2, F3 làm căn cứ từ chối hoàn thuế
Tổng cục Thuế nhấn mạnh, công chức thuế tuyệt đối không được tự ý suy diễn hoặc mở rộng phạm vi kiểm tra chỉ vì các đơn vị trung gian (F2, F3…) có cảnh báo rủi ro. Việc người bán (F1) hoặc các đối tác trong chuỗi cung ứng ngừng hoạt động, bỏ địa chỉ kinh doanh… chỉ là thông tin tham khảo để phân loại rủi ro, không phải là căn cứ pháp lý để kết luận hồ sơ của doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn thuế.
Quy định về nghĩa vụ thuế của người bán
Đáng chú ý, từ ngày 01/01/2026, điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT” đã được bãi bỏ. Tuy nhiên, Tổng cục Thuế lưu ý rằng:
1. Thông tin về việc người bán chưa kê khai, nộp thuế vẫn được sử dụng để đánh giá rủi ro tổng thể.
2. Việc sử dụng thông tin này phải đi kèm với các dữ liệu khác, không được dùng đơn lẻ để loại trừ quyền hoàn thuế của bên mua.
Yêu cầu đối với cơ quan thuế địa phương
Để đảm bảo thực thi nghiêm túc, Tổng cục Thuế yêu cầu:
* **Rà soát hồ sơ tồn đọng:** Các Cục Thuế phải khẩn trương rà soát, giải quyết các hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài do vướng mắc về cảnh báo rủi ro.
* **Đúng quy trình, đúng phạm vi:** Việc yêu cầu doanh nghiệp giải trình, bổ sung thông tin phải gắn với nội dung cần làm rõ, tránh tình trạng yêu cầu giải trình tràn lan.
* **Trách nhiệm công chức:** Công chức thuế phải thực hiện theo đúng kết quả phân loại trên hệ thống, không tự ý thay đổi kết quả dựa trên các suy đoán cá nhân.
Chỉ đạo này được kỳ vọng sẽ tạo môi trường thông thoáng, minh bạch cho doanh nghiệp, đồng thời nâng cao hiệu quả quản lý dựa trên cơ sở dữ liệu và quản trị rủi ro chuyên nghiệp của ngành Thuế.
