Trước kiến nghị của Hiệp hội Rau quả Việt Nam về những vướng mắc trong chứng từ mua bán giữa doanh nghiệp và hộ sản xuất, cũng như đề xuất cơ chế thuế GTGT đầu vào riêng cho nông nghiệp, Cục Thuế đã có văn bản phản hồi dựa trên các quy định pháp luật hiện hành.
Quy định về hóa đơn điện tử đối với hộ, cá nhân kinh doanh
Cục Thuế nhấn mạnh, việc áp dụng hóa đơn điện tử (HĐĐT) đối với hộ, cá nhân kinh doanh được thực hiện theo Nghị định 141/2026 và Nghị định 254/2026. Cụ thể:
- **Ngưỡng doanh thu trên 1 tỷ đồng:** Hộ, cá nhân kinh doanh có doanh thu hàng năm trên 1 tỷ đồng bắt buộc phải sử dụng HĐĐT có mã của cơ quan thuế hoặc HĐĐT khởi tạo từ máy tính tiền kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.
- **Địa điểm kinh doanh:** Trường hợp có nhiều địa điểm, hộ kinh doanh sử dụng chung mã số thuế nhưng phải ghi rõ mã địa điểm trên hóa đơn.
- **Trường hợp ngoại lệ:** Hộ kinh doanh không thuộc diện bắt buộc sử dụng HĐĐT hoặc thuộc trường hợp lập bảng kê thu mua hàng hóa, dịch vụ theo quy định thuế thu nhập doanh nghiệp thì không bắt buộc phải sử dụng HĐĐT, trừ khi có nhu cầu đăng ký tự nguyện.
Chính sách ưu đãi thuế GTGT hiện hành cho ngành nông nghiệp
Cục Thuế khẳng định, pháp luật thuế GTGT hiện nay đã có những ưu đãi đáng kể cho lĩnh vực nông nghiệp, đảm bảo tính nhất quán và không phân biệt đối tượng sử dụng:
- **Đối tượng không chịu thuế GTGT:** Áp dụng với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường. Đặc biệt, doanh nghiệp mua sản phẩm này để bán cho doanh nghiệp khác không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
- **Thuế suất ưu đãi 5%:** Áp dụng cho các mặt hàng thiết yếu như phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, các dịch vụ phục vụ sản xuất nông nghiệp (nạo vét kênh mương, chăm sóc cây trồng…) và các sản phẩm nông nghiệp thuộc diện không chịu thuế ở khâu sản xuất nhưng đã qua chế biến hoặc thương mại.
Hai hệ lụy khi áp dụng thuế GTGT đầu vào riêng cho nông nghiệp
Về đề xuất xây dựng cơ chế thuế GTGT đầu vào riêng biệt cho ngành nông nghiệp, Cục Thuế đã thẳng thắn chỉ ra hai hệ lụy tiêu cực về mặt quản lý tài chính và chính sách thuế:
- **Khó khăn trong xác định danh mục:** Việc liệt kê đầy đủ, chính xác các loại hàng hóa, dịch vụ được coi là “đầu vào” đặc thù cho nông nghiệp là rất phức tạp, dễ gây tranh cãi và khó áp dụng trong thực tế.
- **Bất bình đẳng chính sách:** Việc ban hành chính sách ưu đãi riêng cho một lĩnh vực có thể tạo ra sự bất bình đẳng giữa các đối tượng nộp thuế khi cùng sử dụng một loại hàng hóa, dịch vụ nhưng lại chịu các mức thuế khác nhau. Điều này đi ngược lại nguyên tắc trung lập của thuế GTGT.
Từ những phân tích trên, Cục Thuế đề nghị Hiệp hội Rau quả Việt Nam và các doanh nghiệp tiếp tục thực hiện theo các quy định pháp luật hiện hành. Việc tuân thủ đúng quy định về chứng từ và hóa đơn không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa khấu trừ thuế mà còn đảm bảo sự minh bạch trong hoạt động kinh doanh.
